Le recrutement s'est toujours opéré sur la base de candidatures nationales dont le nombre a varié entre près de 1000 vers 1995 et plus de 600 à la fin du précédent contrat (en baisse depuis, en partie à cause de la multiplication des filières concurrentes). Le nombre total de sélectionnés s'est étagé entre 13 en 1990 et 32 en 2002, l'effectif idéal se situant à 22-24. Au total, 354 étudiants ont été inscrits et il y a actuellement 325 diplômés.
Ce M2 "Pro" a favorisé un brassage important d'étudiants d'origines géographiques et disciplinaires variées. Les cursus antérieurs des candidats inscrits sont à l'image du caractère pluridisciplinaire de la formation. Ils sont dominés (31 %) par des étudiants issus de maîtrises scientifiques ciblées "Environnement". Le second cursus est celui de "biologie-écologie" (22%) (maîtrises BOP, BPE, mais aussi SVT et physiologie). Les deux autres viviers majeurs sont représentés par les Sciences de la Terre (15%) et par une catégorie (15%) un peu spéciale, qui regroupe en réalité une diversité foisonnante : on y retrouve des personnes ayant étudié la chimie, la montagne, l'économie, etc. D'autres apports intéressants, plus minoritaires, proviennent des sciences humaines (géographie, 7%). La part des titulaires de diplômes d'agronomie (Ingénieurs et maîtrises) est faible (6%), insuffisante pour une filière de ce type.
La formation continue intégrée concernait en 1999 13,5 % des effectifs (issus des différentes voies précitées, ainsi que de la validation des acquis, pour un petit nombre d'entre eux). Elle a permis de diplômer des professionnels très brillants (jusqu'à 1/4 de la promotion certaines récentes années), y compris deux cadres supérieurs africains.

Les étudiants sont aussi d'origine géographique très diverses. Une grande partie des étudiants viennent de Dijon (43%), mais les 57% restant viennent de tous les horizons, français et étrangers. Le brassage est important entre l'Ouest (11%, Nantes, Rennes, Brest, Angers, etc.), l'Est (9%, Besançon, Metz, Colmar, Nancy, Strasbourg, etc.), ou encore le Sud-Est (10%, Lyon, Grenoble, Marseille, etc.). Un certain nombre d'étudiants viennent aussi du Sud-Ouest (8%, Toulouse, Montpellier, Bordeaux, etc.) et de la Région Parisienne (8%). On retrouve aussi des étudiants originaires du Nord (5%, Calais, Lille, Caen, etc.) et du Centre (2%, Clermont-Ferrand). Enfin, à noter, 4% des étudiants sont originaires d'un autre pays : Brésil, Hongrie, Maroc, Mali, Gabon, etc
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La variété des cursus antérieurs cause-t-elle des difficultés pédagogiques ? Celles-ci existent, mais il s'agit plutôt d'une richesse, favorisant les mises à niveau collectives : les étudiants obtiennent souvent d'excellentes notes dans les matières nouvelles pour eux. De plus, les évaluations annuelles de la filière par les étudiants aident à déceler les causes des problèmes et permettent d'apporter éventuellement des améliorations.